本所瞄准国家在环境领域的重大需求和国际学科发展前沿领域，将与化学化工、生物与生命科学、信息科学与材料科学等学科交叉综合。

针对工业废水、工业废气和工业固体废弃物等“三废”处理对象，以物理、化学和生物技术等为主要手段，在水污染控制与治理、大气污染污染控制与治理、工业生态与清洁生产、环境规划与环境信息技术等领域开展基础性、战略性、前瞻性研究。

从技术、管理、政策等层面提出水、大气和固体废弃物污染的控制策略，为解决一些重大环境问题提供科学依据。

本研究所建设成为我国环境工程研究的重要基地，解决重大环境工程问题的创新团队，国际一流水平的环境科学与工程研究中心。